정부는 농협 비위 근절과 투명성 강화를 위해 「정부합동 특별감사반」을 구성해 1월26일부터 농협중앙회・자회사・회원조합 등에 대한 특별감사를 실시하고, 3월9일 그 결과를 발표했다.감사에는 국무조정실, 농림축산식품부, 금융위‧금감원, 감사원, 공공기관, 외부 전문가 등이 참여해 강도높게 이루어졌다.이번 감사는 지난해 농식품부가 실시한 선행감사의 후속감사로서 농협중앙회・자회사 등의 운영실태 전반을 점검했으며, 선행감사에서 추가 사실규명이 필요했던 사항 38건과 익명제보를 기초로 선정한 12개