제주특별자치도가 최근 5년간 집행하지 못한 FTA기금을 집행 잔액을 반납하지 않아 정부로부터 페널티를 받을 위기에 놓였다.정부의 FTA기금은 고품질감귤 생산을 위해 감귤농가의 시설 현대화 및 고품질 감귤 생산을 위해 비가림하우스, 자동개폐기, 원지 정비, 관수관비시설 등 15개 사업에 보조되며, 집행 잔액은 반환해야 한다. 하지만 제주도는 최근 5년 동안 2020년 1억2800만원, 2021년 6억4000만원, 2022년 6억3700만원, 2023년 40억원, 2024년 34억원을 반납하지 않았다.이자를 포함하면 정부