국세청이 공익법인의 투명성과 공공성을 강화하기 위해 세법상 주요 의무와 신고·제출 기준을 강조하며 이를 지켜줄 것을 적극 당부하고 있다. 아울러 사후관리를 강화하겠다는 내용도 강조하고 있다.특히 출연재산의 사용, 주식 보유 제한, 내부거래 금지 등 핵심 의무를 위반할 경우 증여세 부과 및 높은 수준의 가산세가 적용될 수 있어 각별한 주의가 요구된다.공익법인은 기부금, 부동산, 주식 등 출연 받은 재산을 3년 이내에 전부 공익목적사업에 직접 사용해야 하며 이후에도 지속적으로 해당 목적에 사용해야 한다. 이를 위반할 경우 증여세가 부과