농촌진흥청은 토마토 뿌리 주변의 마이크로바이옴을 활용해 토마토 생육을 촉진하는 미생물 인공조합을 개발했다.토양 내 마이크로바이옴은 작물과 상호작용하며 생장 촉진, 면역력 증대, 병해충 피해 감소, 가뭄과 저온, 고온 등 다양한 환경 스트레스 경감 등 작물의 생육에 많은 영향을 끼친다.국내에서 활용하는 미생물제 대부분은 토양, 퇴비, 작물 뿌리 주변, 부엽토 등에서 특정 미생물을 분리해 배양된 개별 미생물로 만들어진다.미생물 인공조합은 여러 종의 미생물들이 협력해 작동하는 원리다.